分支機構(gòu)向所在地的主管稅務機關(guān)申報繳納增值稅。具體規(guī)定是，總機構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣、市的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅。經(jīng)財政部和國家稅務總局或者其授權(quán)的財政和稅務機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅。

《稅收征收管理法》第四條規(guī)定，法律、行政法規(guī)規(guī)定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。 法律、行政法規(guī)規(guī)定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。 納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。